I meccanismi di difesa possono essere classificati in due branche, quelli cosiddetti innati e quelli adattativi o specifici.
L’immunità innata interviene più rapidamente per difenderci dai patogeni; è l'immunità più antica: molti dei suoi meccanismi sono presenti nei precordati. Successivamente si è evoluta quella specifica, che nella filogenesi consiste nell’aggiungere recettori clonalmente distribuiti con molte possibili specificità. L’innata interviene subito, poiché le cellule che vi appartengono sono tutte simili tra loro e, non avendo recettori specifici per i vari antigeni, possono intervenire così come sono. Invece le cellule B e le T, che hanno recettori con ampia diversità, iniziano l’attività quando la cellula, che ha il recettore specifico per un dato antigene, lo riconosce con conseguente espansione clonale.

Le cellule dell’immunità innata hanno due fondamentali caratteristiche:
1) sono omogenee e possono intervenire subito
2) sono già cellule effettrici e quindi non han bisogno di maturazione funzionale.

Le cellule specifiche dell'immunità adattativa:
1) solo poche cellule riconoscono i vari antigeni del patogeno
2) le cellule che riconoscono sono perlopiù dei precursori inattivi. Per esempio le citotossiche in realtà non hanno il macchinario citotossico, ma sono cellule inattive che durante la risposta, non solo si espandono clonalmente, ma acquisiscono le loro proprietà effettrici.

La prima risposta anticorpale ad un virus, per esempio, è la produzione di IgM a bassa affinità che iniziano a comparire dopo una settimana, quindi se non esistessero altri meccanismi di contenimento, l’individuo ospite sarebbe già sopraffatto dal virus in crescita esponenziale. Tra questi meccanismi un ruolo fondamentale è di competenza dell’immunità innata.
Per cellule dell’immunità innata ormai si tende a parlare di cellule immunitarie effettrici, quindi si comprendono non solo gli NK (natural killer) che sono linfociti, ma anche i monociti-macrofagi, le cellule dendritiche (cellule presentanti l’antigene-APC) e i mastociti.
Alcune sono specializzate per un certo tipo di difesa, per esempio i granulociti neutrofili a vita molto breve (intorno alle 12 ore), sono cellule mobili che arrivano rapidamente nei siti infiammatori e hanno un ruolo fondamentale per le difese contro batteri extracellulari.

Ci sono purtroppo individui che nascono con grave difetto dei neutrofili e ci sono situazioni acquisite, come leucemie acute o l'aplasia midollare, che forniscono testimonianza della loro utilità. In condizioni di aplasia, l’emopoiesi si blocca e i neutrofili, che hanno il ricambio più rapido, sono i primi a soffrire. Nelle leucemie c’è un'invasione midollare importante: un tappeto di blasti nel midollo occupa lo spazio utilizzato normalmente dall’emopoiesi normale e le cellule leucemiche producono, inoltre, fattori che inibiscono l’emopoiesi normale; si capisce come mai spesso pazienti con leucemie acute si presentano con gravi deficit di granulociti, che, se scendono sotto i 500 / mmc, predispongono a un rischio maggiore di infezioni gravi. Queste infezioni sono, in effetti, dovute a batteri extracellulari e testimoniano come i granulociti giochino un ruolo fondamentale contro questo tipo di patogeni e che, un loro deficit funzionale o la loro assenza, causino problemi gravi spesso fatali; la mortalità per leucemia acuta interviene spesso per emorragie (piastrinopenia per lo stesso problema di inibizione dell’emopoiesi) o per infezione. I neutrofili quindi sono fagociti specializzati ma non funzionano da soli; si è visto che una situazione patologica analoga si ha anche quando mancano anticorpi(appartenenti alla risposta adattativa). Gli anticorpi possono eliminare i batteri sia con meccanismo mediato dal Complemento sia attraverso l'opsonizzazione (rendere più sensibili alla fagocitosi) dei batteri che vengono fagocitati dai neutrofili. Questo spiega il motivo per cui la mancanza di granulociti o di anticorpi determina situazioni affini.